경찰은 이날 오전 8시께부터 416연대 사무실 앞에서 대기하다 단체 관계자가 도착한 오전 11시께 압수수색영장을 집행했고, 박 위원장이 소장으로 있는 서울 마포구 소재 인권단체 '인권중심 사람' 사무실도 오전 11시께부터 압수수색 했다. 경찰은 세월호 집회 주도자로 수사선상에 오른 박 위원장이 416연대 운영에도 관여하고 있어 416연대 사무실과 그가 대표로 있는 단체 사무실을 압수수색한 것으로 보인다.
경찰은 416연대 운영위원이자, 박 위원장과 나란히 집회 주도자로 지목된 김혜진 공동운영위원장이 대표로 있는 영등포구 소재 전국불안정노동철폐연대의 사무실도 이날 오후 2시부터 압수수색 했다.이날 오전에는 두 사람의 승용차에 대해서도 압수수색을 벌였다.
경찰은 당초 시민단체로 구성돼 세월호 관련 행사를 주도해온 국민대책회의가 지금은 유가족 단체가 포함된 416연대로 사실상 통합 운영되고 있다는 점에 주목하고 있다. 경찰은 4·16연대와 국민대책회의의 조직 구성·의사결정 구조와 더불어 4월 11·16·18일 세월호 추모제 기획 의도와 행진 계획 등에 대해 집중 수사해왔다.
경찰은 앞서 박 위원장과 김 위원장을 두차례씩 불러 집회시위법 위반 등의 혐의에 대해 조사했지만 두 사람은 묵비권을 행사했다. 경찰 관계자는 "압수수색으로 확보한 증거를 토대로 당시 박 위원장과 김 위원장 등이 세월호 집회를 어떻게 주도하고 계획했는지를 집중 수사할 것"이라고 말했다.
416연대 측은 "경찰이 적용하려는 집회시위법 위반 등의 혐의는 집회 현장에서 일어나는 범죄로, 사후 압수수색으로 증거를 찾을 수 있는 성격의 범죄가 아니다"며 "이번 압수수색은 공안정국 조성을 위한 사전작업"이라고 비판했다. 이들은 세월호 유가족들이 참여한 가운데 이날 오후 4시 사무실 앞에서 기자회견을 열어 경찰의 압수수색을 규탄할 방침이다.